KTO Karatay Üniversitesi Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, 2009-2010 eğitim-öğretim yılında Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Mekatronik Mühendisliği ve Bilgisayar Mühendisliği Bölümleri ile eğitim-öğretime başlamıştır. Daha sonra Makine Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Endüstri Mühendisliği ve son olarak Yazılım Mühendisliği Bölümleri açılarak Türkiye’nin en güçlü programlarına sahip fakültelerinden biri olmuştur.